یکی از بخش های مهم امنیت نرم افزار، در یک سیستم یکپارچه و جامع، زیر سیستم مدیریت کاربران است . در مدیریت کاربران می توانیم کاربران نرم افزار را معرفی کنیم و سطح دسترسی آنها را در نرم افزارهای سیستم جامع و یکپارچه فروشگاهی مشخص نمائیم . سطح دسترسی هر کاربر مشخص می کند که آن کاربر در چه محل هایی دسترسی به نرم افزار داشته و در هر محل به کدام نرم افزارها دسترسی خواهد داشت .
دسترسی های کاربران به نرم افزارها در سمت های مختلف، تفکیک شده است و هر کاربر با توجه به محل و نرم افزار و سمت مشخص شده دسترسی به امکانات مختلف نرم افزارها خواهد داشت . کارکردهای مختلف در نرم افزارها به تفکیک لیست شده و می توان هر کدام از این کارکردها را به یک کاربر تخصیص داد . دسترسی هایی که یک کاربر می تواند روی عملیات مختلف داشته باشد به شکل های زیر می تواند باشد : فقط خواندنی ، ایجاد ، اصلاح و تایید نهایی اسناد .
می توان در این نرم افزارگروه های کاربری ایجاد نمود و به هر گروه کاربری دسترسی هایی را تخصیص داد و بعد از انتساب کاربر به آن گروه کاربری تمامی دسترسی های موجود در گروه به آن کاربر نیز تخصیص داده خواهد شد . اگر کاربر عضو چند گروه کاربری باشد سطح دسترسی های تعریف شده در تمام گروه های کاربری به وی اختصاص خواهد یافت.
یک نوع دسترسی دیگر که می توان در نرم افزار صندوق فروش تعریف نمود بدین صورت است که روی برخی از کارکردها مانند مرجوع فروش ، دسترسی به کاربر در صورتی داده خواهد شد که سوپروایزر اجازه دسترسی را برای هر بار استفاده از آن عملکرد به کاربر بدهد .